Google Chrome en Ubuntu no dispone de un administrador de certificados para agregar certificados raiz de confianza o certificados cliente SSL, en las opciones solamente sale un link a esta pagina: http://code.google.com/p/chromium/wiki/LinuxCertManagement
Si has creado un CA interno, para evitar los mensajes de advertencia como este debes seguir los siguientes pasos:
Instalar el programa para gestionar los certificados
sudo apt-get install libnss3-tools
Luego agrega el certificado con este comando
certutil -d sql:$HOME/.pki/nssdb -A -t "C,," -n <nombre certificado> -i <archivo del certificado>
Donde <nombre certificado> es el nombre que tiene el certificado y <archivo> el archivo del certificado (.cer/.pem/.crt). Luego de esto el certificado quedara instalado y no saldra el mensaje de advertencia.
Para instalar un certificado cliente ejecuta este comando
pk12util -d sql:$HOME/.pki/nssdb -i <archivo>.p12
Y para eliminar un certificado
certutil -d sql:$HOME/.pki/nssdb -D -n <nombre certificado>
